中国社会科学院国家机关运行保障研究中心（以下简称“中心”）由国家机关事务管理局和中国社会科学院合作组建,成立于2018年，为中国社会科学院非实体研究中心，挂靠中国社会科学院中国式现代化研究院管理。中心依托中国社会科学院中国式现代化研究院建设，致力于探索机关事务工作治理体系和治理能力现代化研究，针对机关事务工作领域的重大理论和实践问题，布局科研课题，形成对策建议，为党和国家的战略决策提供科学依据。
中心自成立以来，先后开展“国家治理体系与治理能力现代化背景下的机关运行保障管理”“机关事务集中统一管理模式”“机关事务信息化与标准化”“机关运行保障管理立法”等课题研究，出版和发表了系列重要研究成果，报送了系列要报和内参。这些成果是从事政府运行保障管理学科学术研究、培养专业人才的重要参考文献，为党和国家的重大决策提供智力支持发挥了重要作用。自2018年起，中心每年招收“国家机关运行保障管理”方向国资博士后,专门从事机关事务管理相关理论和实践研究。
2022年，作为全国开展政府运行保障管理二级学科建设和人才培养试点工作的11家单位之一，中国社会科学院大学充分发挥中心在政府运行保障管理研究方面所积累的学术优势，在政府管理学院成立政府运行保障管理系，这是全国成立的第一个专门培养政府运行保障管理领域高层次人才的教学系。该系采取与国管局合作共建的方式，陆续招收政府运行保障管理方向的硕士、博士研究生和政府运行保障管理方向的MPA，致力于全面培养适用于国家治理体系和治理能力现代化背景下的政府运行保障管理人才。
现中心主任为中国式现代化研究院院长张冠梓研究员，副主任为余少祥研究员（常务兼秘书长）、冯希莹（科研处长），副秘书长为朱萌副研究员、孙维维助理研究员。